Viện Khoa học tài nguyên nước được thành lập theo Quyết định số 1896/QĐ-TTg ngày 28 tháng 11 năm 2017 của Thủ tướng Chính phủ về việc thành lập Viện Khoa học tài nguyên nước trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường và Quyết định số 838/QĐ-BTNMT ngày 16 tháng 3 năm 2018 của Bộ Tài nguyên và Môi trường về việc quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Viện Khoa học tài n guyên nước. Các hoạt động của Viện thực hiện dựa trên Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động KHCN số A-1902, cấp lần đầu ngày 12 tháng 4 năm 2018 của Bộ Khoa học và Công nghệ. Viện gồm có 2 phòng chức năng, 3 phòng nghiên cứu và 1 Trung tâm dịch vụ:

- Văn phòng;

- Phòng Khoa học, Đào tạo và Hợp tác quốc tế;

- Phòng Quy hoạch và Dự báo tài nguyên nước;

- Phòng Kinh tế và Quản lý tài nguyên nước;

- Phòng Công nghệ và Kỹ thuật tài nguyên nước;

- Trung tâm Tư vấn và Dịch vụ tài nguyên nước.

Đội ngũ cán bộ thuộc Viện có 35 người. Bên cạnh đó, Viện đang ký hợp đồng với một số cán bộ có năng lực chuyên môn và phối hợp cộng tác với nhiều chuyên gia hàng đầu trong các lĩnh vực khí tượng, thuỷ văn, hải dương, môi trường, sinh thái, xã hội…. và hợp tác với Trung tâm Nghiên cứu Môi trường trong hoạt động quan trắc, lấy mẫu, phân tích.

Với nhiệm vụ nghiên cứu về tài nguyên nước, môi trường nước, cung cấp các bản tin dự báo, cảnh báo và thông báo về tài nguyên nước gồm ô nhiễm nguồn nước, hạn hán, xâm nhập mặn,..; nghiên cứu quản lý, khai thác, sử dụng hợp lý tài nguyên nước, phòng chống ô nhiễm nguồn nước; đánh giá những vấn đề phát sinh trong quản lý nguồn nước và phát triển kinh tế xã hội; tham gia thực hiện các chương trình dự án, đề tài nghiên cứu khoa học và công nghệ về môi trường, khí tượng thủy văn, hải dương học,… với nước ngoài hoặc các tổ chức quốc tế, các cán bộ của Viện đã thực hiện hơn 60 dự án, đề tài trong và ngoài nước. Kết quả của các đề tài, dự án đã được nghiệm thu đều đạt kết quả tốt và được đánh giá cao.

Viện định hướng kế hoạch phát triển trong tương lai là tiếp tục hoàn thành tốt các nhiệm vụ được Nhà nước giao đồng thời mở rộng hợp tác với các tổ chức Chính Phủ và phi Chính Phủ để thực hiện các dự án trong và ngoài nước.

Với hoạt động tư vấn, nhiệm vụ của Viện là cung cấp dịch vụ tư vấn chất lượng cao để hỗ trợ phát triển kinh tế - xã hội và phục vụ cho công tác quản lý tài nguyên nước nói riêng và quản lý môi trường nói chung được tốt hơn.

Định hướng phát triển của Viện là minh chứng cho sự ổn định và độc lập thông qua tham gia các hoạt động phát triển phù hợp với hoàn cảnh địa phương.

Nguyên tắc dẫn đường của Viện là minh bạch, hiệu quả,tôn trọng và hợp tác tốt với những bên có liên quan.